A imobiliária pode cobrar por isso?

Depende do que está escrito no contrato entre vocês.

Não, se uma parede ficou manchada você deve pintar somente a parede. Se a tinta irá ficar diferente pinta todo o cômodo. No RJ já existe decisão dos tribunais fazendo cumprir a lei e coibindo abusos. Você somente arca com o que estiver com problema. Em outros estados ainda existe a prática de que entregando a pintura em ordem, mesmo assim é preciso pintar de novo, mas já está mudando. A questão é que terá que resolver na justiça contra o locador e as decisões para locatários são bem favoráveis. Dependendo da proteção ela é ilegal. Se estavam te cobrando taxa de manutenção do imóvel locado, vale a pena acionar o locador e imobiliária porque essa cobrança não pode ser imposta ao locatário. Pode ser parte de serviços oferecidos pela imobiliária, mas não imposta em contrato.

Só da parede que está com problema.

Conforme Contrato de Locação.

Parede com problema.

Vai depender da vistoria inicial do imóvel.

O imovel deve ser devolvido em igual condição foi recebido e de acordo com a vistoria de entrada.

Ela pode cobrar por danos ao imóvel derivados do mal uso.

A depender de clausula em contrato de locação e laudo da vistoria, mas, independente disso, cabe a você tentar entrar em contato com a imobiliária e tentar negociar isso.