Como faço para retirar o nome do meu ex marido da casa?

O imovel, mesmo vc pagando sozinha pertence ao casal, e seu marido tambem tera direito a ela, mesmo estando separados, pois juntamente com o fato de vc pagar sozinha, existe tambem o fato de que e vc quem esta usufruindo do imovel.

Somente através do divorcio ou separação judicial.

Caso sejam casados legalmente, é preciso fazer o divorcio é conforne o REGIME do casamento o Juiz decide sobre os bens do casal. Caso não haja um casamento oficial, é preciso entrar com uma ação na justiça (defensoria publica/gratis) e pedir a separacao de bens. Lembrando que se adquiriram juntos, ambos tem direito à metade.

O que ficou determinado na partilha do divórcio? Se a casa ficou para você com a condição de você pagar o financiamento veja com o agente financeiro se apenas a sua renda é suficiente para suportar a mudança no contrato de financiamento. Por outro lado, se ainda não houve a partilha dos bens é necessário que antes vocês regularizem o divórcio ou o fim da união estável.

Vai depender do pacto nupcial do casamento dependendo disso você pode ir na defensoria pública que ela é grátis e pedir separação de bens lembrando se for casado no papel vai ressaltar que vai depender do pacto nupcial e o juiz vai decidir se a casa vai ser metade para cada ou se você pode transferir totalmente para o seu nome.

É necessário averbar a certidão de divorcio na onus reais.

Você devia já ter resolvido isto no momento da vossa separação!
Inclusive vc deve ir junto à Instituição que financiou e lá Averbar seu divorcio
e pedir orientação pra eles ?

Esse processo de retirada de nome do ex- cônjuge só da para ser feita durante a ação do divórcio.