Existe legalidade fiscal e jurídica quando uma empresa aluga uma loja?

Não, o contrato é nulo porque ou é residencial, ou não residencial ou misto onde se pode residir em uma parte do imóvel e em outra fazer um comercio. Tua explicação está confusa porque a pessoa jurídica pode fazer um contrato residencial para moradia de sócio ou funcionário, mas para estabelecer uma loja o contrato tem que ser não residencial.

Tem que fazer um contrato específico para o fim.

Ola, locação comercial nada tem haver com residencial, mesmo porque para ter garantido o direito de preferencia em imoveis comerciais, tem que tomar algumas providencias em contrato e no contrato, existem direitos comerciais previstos em lei sim.

Não, não é legal, se o imóvel é para uso comercial é necessário que o imóvel esteja preparado para tal, e a imobiliária tem que fazer o contrato no nome da empresa, esse prática pode ser denunciada no site do CRECI que é o orgão que nos fiscaliza.

O contrato deve ser para uso comercial. Está errado se for descrito como residencial.

E onde está determinado que esse imóvel será estritamente comercial? Na convenção do condomínio? No zoneamento? Por favo refaça a pergunta dando detalhes, ok?

Não. A maior diferença está no tempo de locação. Locação comercial tem duração mínima de 10 anos enquanto a residencial de 36 meses pela lei do inquilinato.