Quem tem que paga a averbação do imóvel?

Paga quem passa para o nome, a não ser se houver pendência de registro que você tenha que fazer.

É o futuro proprietário que paga.

O proprietário.

Se o imóvel está em seu nome e tem ampliação que precisa ser averbada para ser legalizada na Prefeitura, a obrigação do pagamento da averbação é sua, o comprador tem obrigação de pagar as Taxas pertinentes para a transmissão e transferência de posse do imóvel, como ITBI e Registros.

O proprietário do imóvel.

De rigor se você está vendendo um imóvel presume-se que esse imóvel esteja com a documentação 100% regular. Como não é o seu caso te resta negociar que o comprador assuma essa despesa, deduzindo-a do valor da venda.

Futuro proprietário que paga.

Se a matricula do imóvel esta em seu nome não. As despesas com transferência do imóvel (Escritura, recolhimento ITBI e Averbação no Cartório de Imóveis) correm por conta do comprador.