como pagar IR do valor do caução que foi usado para pagar aluguel e o mesmo não tem como reter já que encontra-se na mão do proprietário?

VIA TRANSFERENCIA.

Só se lança se o valor for depositado em sua conta.

DEPENDENDO DA ORIGEM DOS RECURSOS JA VAI ESTAR TRIBUTADO NA ORIGEM.

Caução é garantia contratual, não se paga imposto de renda sobre a mesma como locatário. Como a caução foi utilizada para pagar o aluguel, fica elas por elas em relação ao locatário que apenas irá informar no IR o total pago de aluguel no ano 2020. declarou a caução paga ao locador, é só dar baixa. O locador que esta na posse da caução é que irá recolher o imposto sobre o total recebido arcando com uma alíquota maior e dando baixa na declaração dele se tiver lançado a caução.

Se a divida for menor que valor o proprietario fica com o valor.

Converse com seu Contador, ele saberá lhe instruir !