Como saber quantas empresas estão cadastradas com meu CNPJ?

Nenhuma.

Serasa.

Pode utilizar o site do serasa ou jucesp.

Somente a sua , pois cada empresa possui um unico cnpj.

Basta consultar através da receita federal.

Site da receita federal informe cnpj fazer consulta.

A empresa que você cadastrou na junta comercial de sua cidade, não existe como outra pessoa cadastrar empresa no seu CNPJ sem sua autorização, no caso recomendo que procure associação comercial ou junta comercial de sua cidade, lá poderão te ajudar.