Quais as desvantagens de alugar apartamento por imobiliária?

Voce paga taxa de administração todos os meses.

Não vejo como desvantagem, isso pode gerar um custo adicional (algo pouco), porem dá segurança tanto para o inquilino quanto para o proprietario.

Nenhuma !

Maior segurança, Analise de documentação, rapidez.

As imobiliária são mais rigorosas com a locação porque respondem perante locador e locatário por qualquer prejuizo que causarem na má prestação do serviço. Desta forma o rigor na análise do pretendente a locação é maior. Muitos pensam que imobiliárias são uma praga porque não sabem a responsabilidade da empresa frente ao locador. Eu só vejo vantagens em termos da segurança do negócio para as partes. Locando direito com o locador, é mais fácil e menos burocrático porque esse assume o risco de não seguir e conhecer a lei especial do inquilinato. A desvantagem é você alugar com um falsário, com um locador que acabe por perturbar tua locação.

Obviamente fica mais caro alugar por imobiliária, pois tem que pagar o primeiro aluguel para a imobiliária e também a Administração que é de 10% do valor do aluguel.

Não vejo desvantagens, porém será pago a imobiliária a taxa de administração, que, caso fosse direto com o proprietário, não haveria.