como conseguir a certidão negativa de ônus

No cartório de registro da cidade onde o imóvel está localizado.

E a matricula atualizada de seu imóvel.

Pelo que você informa, me parece que você comprou o imóvel, de boa fé, e ainda não fez a escritura publica de compra e venda. Certo? Possivelmente não fez a escritura porque a construção da casa não foi averbada na matricula. Assim, o correto seria você procurar o antigo proprietário para, primeiro regularizar a averbação da construção e depois fazer a escritura, recolher o ITBI e levar a escritura ao Cartório de Registro de Imóveis para o necessário registro. Só assim você conseguira obter uma Certidão da matricula, já em seu nome, com a indicação da existência ou não de ônus e gravames.

Resumidamente: o imóvel não está no seu nome e a construção não está regularizada. Terá que registrar a sua escritura pública de compra e venda, ou documento equivalente (escritura de doação, inventário, etc. ). E terá que procurar a prefeitura para regularizar o seu habite-se.