Tem que pagar itbi quando for registrar a escritura?

Não.

Se você pagou no prazo, os valores estão corretos e não fez escritura só levar a documentação antecedente provando o negócio ao tabelião para a formalização.

Não, somente o registro.

Tem que pagar itbi de novo.

Quem adquiriu o imóvel.

O comprador.

Sim, geralmente é necessário pagar o ITBI (Imposto de Transmissão de Bens Imóveis) no momento do registro da escritura. Se você pagou o ITBI há 3 anos e ainda não registrou a escritura, verifique se o prazo de validade do documento expirou e se há outras taxas ou multas a serem pagas. Recomenda-se regularizar a situação o quanto antes para evitar problemas futuros.